De mars à mai, le climat est chaud et sec. Les températures varient entre 24° et 35° C. La saison des pluies s'étend de juin à octobre, mais certaines îles telles que Cebu, Bohol et Palawan sont beaucoup moins touchées que d'autres. Les mois de novembre à février sont les moins chauds, avec des températures de 22° à 30°. La température de l'eau est généralement comprise entre 25° et 29°.