Malaysia Airlines, la principale compagnie aérienne nationale, dessert toutes les grandes villes du pays. Dans les Etats du Sabah et du Sarawak, de nombreux déplacements s'effectuent en avion. Durant la saison des pluies, les vols sont tributaires des conditions climatiques et certaines villes sont parfois isolées durant de longues périodes. La nouvelle compagnie Air Asia propose des tarifs très intéressants vers les grandes villes.
En voiture
Une autoroute relie la frontière thaïlandaise au pont d'accès à Singapour. Le réseau routier est moins développé sur la côte est et au centre de la péninsule. Les règles de conduite sont les mêmes qu'en Angleterre : on roule à gauche et le volant est du côté droit. Les Malaisiens sont assez imprévisibles au volant et ne respectent pas toujours l'usage du clignotant.
En train
Relativement confortable et bien entretenu, le chemin de fer malaisien se limite à deux lignes. La plus empruntée relie Singapour à la frontière thaïlandaise avant de poursuivre jusqu'à Bangkok. La ligne de la côte est, que l'on appelle souvent train de la jungle, relie Tumpat à l'extrême nordest, à Gemas, au centre de la péninsule.
En taxi
Le taxi reste un moyen de transport très utilisé en ville. Les chauffeurs doivent mettre leur compteur en marche au début de la course. Après minuit, il faut ajouter 50 % au prix affiché. On trouve encore quelques rickshaws (vélo-taxi) dans les endroits touristiques de Malacca, Penang et Singapour.