Le chemin de fer est le mode de transport numéro un au Japon. Les fameux trains rapides shinkasen, dont la vitesse atteint les 300 km/h, relient la plupart des grandes villes du Japon, mais ils sont très chers. Dans les grandes villes, les lignes de métro sont nombreuses et pratiques. Se renseigner sur les cartes d'abonnement qui offrent de nombreuses réductions. Pour les longues distances, l'avion n'est pas forcément plus onéreux que le train et vous permet de vous rendre sur les petites îles. Le pays est bien desservi avec des bus et un réseau routier en très bon état.